Percaturan ekonomi Belanda untuk jajahan ini sepanjang abad ke-18 dan ke-19 boleh ditentukan sepanjang tiga zaman yang bertindan, iaitu Rodi Tanaman, Zaman Liberal, dan Zaman Etika. Sepanjang zaman-zaman ini sehingga kemerdekaan Indonesia, kegiatan eksploitasi kekayaan Indonesia menyumbang kepada pengindustrian negara Belanda. Misalnya, kebanyakan tanah pulau Jawa dijadikan kawasan ladang tanaman yang diusahakan oleh petani Jawa, dikumpul oleh orang tengah Cina, lalu dijual ke pasaran luar oleh saudagar Eropah. Sebelum Perang Dunia Kedua, Hindia Timur Belanda merupakan pengeluar kuinina dan lada terbesar di dunia, di samping lebih satu pertiga hasil getah, satu perempat hasil kelapa, dan satu perlima teh, gula, kopi dan minyak di dunia. Tanah Indonesialah yang menjadikan Belanda sebagai salah sebuah kuasa penjajah terbesar di dunia.[8]

Sungguhpun menikmati kenaikan pulangan dari sistem cukai tanah, namun kedudukan kewangan Belanda teruk terjejas oleh perbelanjaan perang Jawa dan Padri. Kehilangan Belgium oleh Belanda pada tahun 1830 mengheret negara Belanda ke kancah kemuflisan, maka bermulanya eksploitasi sumber Indonesia secara bersepadu. Pada tahun 1830, seorang Gabenor-Jeneral baru, Johannes van den Bosch, dilantik untuk mempernilaikan Hindia Timur Belanda. Dasar pertanian paksa kawalan kerajaan diperkenalkan di Jawa dengan gelaran Rodi Tanaman (Dutch: cultuurstelsel); kebanyakan kawasan pulau Jawa menjadi sebuah ladang pertanian Belanda, menjadikannya sebuah jajahan yang lumayan dan mampu diri yang cukup untuk menyelamatkan Belanda dari kemuflisan. Namun demikian, Rodi Tanaman banyak membawa sengsara kepada masyarakat petani Jawa yang menderita akibat kebuluran dan wabak penyakit pada 1840-an.[8]

Keperihan pendapat umum di tanahair Belanda membawa kepada penghapusan unsur keterlaluan Rodi Tanaman oleh pembaharuan agraria pada "Zaman Liberal". Mulai tahun 1870, para pengeluar tidak dipaksa lagi untuk membekalkan tanaman untuk eksport, tetapi Hindia Timur Belanda dibuka kepada perusahaan swasta yang mengembangkan ladang tanaman besar-besaran. Sebagai contoh, pengeluaran gula berganda dari tahun 1870 hingga 1885; tanaman baru seperti teh dan kuinin berkembang, serta pengenalan getah yang menyumbang kepada peningkatan untung secara mendadak untuk pihak Belanda. Namun demikian, ketandusan tanah padi akibat pengenalan tanaman baru itu, serta bilangan penduduk yang naik secara mendadak, khususnya di Jawa, memeritkan lagi kehidupan para penduduk. Kesan perubahannya tidak terhad kepada Jawa atau bidang pertanian; minyak dari Sumatera dan Kalimantan turut menjadi sumber bernilai untuk pengindustrian Eropah. Kepentingan perdagangan Belanda menjangkaui Jawa ke pulau-pulau luaran dengan banyak lagi wilayah yang dikuasai atau didominasi secara langsung oleh kerajaan Belanda pada separuh akhir abad ke-19.[8]

Pada tahun 1898, Jawa diduduki oleh 28 juta orang ditambah 7 juta lagi di pulau-pulau luaran Indonesia.[12]

Pada tahun 1901, pihak Belanda menerima guna Dasar Etika, yang mana kerajaan penjajah betanggungjawab melanjutkan kebajikan penduduk Indonesia dalam sektor kesihatan dan pendidikan, di samping dasar-dasar baru lain seperti rancangan pengairan, transmigrasi, perhubungan, tebatan banjir, pengindustrian, dan perlindungan industri pribumi. Pembaharuan politik meningkatkan autonomi pentadbiran jajahan setempat, justeru itu selangkah berjauhan dari kawalan pusat Belanda, sementara kuasanya juga mencapah dari kerajaan pusat kepada unit-unit pentadbiran tempatan. Sungguhpun lebih progresif berbanding dasar-dasar sebelumnya, namun dasar-dasar kemanusiaannya masih serba kepincangan. Hanya wujudnya sekelompok kecil penduduk tempatan elit yang berpendidikan menengah dan tinggi, sementara kebanyakan besar penduduk Indonesia kekal buta huruf. Sekolah rendah ditubuhkan dan dibuka secara rasmi untuk semua, tetapi pada tahun 1930, hanya 8% daripada semua kanak-kanak berusia sekolah menerima pendidikan. Pengindustrian tidak banyak memanfaatkan kebanyakan orang Indonesia, maka Indonesia kekal sebagai jajahan berasaskan pertanian. Menjelang tahun 1930, wujudnya 17 bandaraya dengan bilangan penduduknya mencecah 50,000 orang, kesemuanya berjumlah 1.87 juta orang penduduk.[11] Namun demikian, pembaharuan pendidikan serta pembaharuan politik secara sederhana melahirkan sekelompok elit warga pribumi yang berpendidikan tinggi, yang menyebarkan gagasan "Indonesia" merdeka dan besatu yang bakal menyatukan semua kelompok pribumi yang berpecah-belah di seluruh Hindia Timur Belanda. Pergerakan kebangkitan nasional Indonesia, sepanjang separuh awal abad ke-20 semakin tahun semakin kukuh, walaupun berdepan dengan penindasan Belanda.[8]